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Ce code permet de passer des données importées sous R (voir le code ici) au format NoSQL dans MongoDB.
On se connecte déjà à la base de données. Pour information, si la base de données ou la collection n’existe pas, elles sont automatiquement créées.
library(mongolite)
bd = mongo(url = "mongodb://193.51.82.104:2231",
db = "medicaments",
collection = "import20161109")Ensuite, le code qui suit permet de créer une liste contenant les informations pour chaque médicament de la table CIS. On y ajoute les informations des tables CIS_COMPO, CIS_CIP, CIS_CPD, CIS_GENER, CIS_HAS_SMR et CIS_HAS_ASMR.
#bd$drop()
data = list()
for (i in 1:nrow(CIS)) {
temp = as.list(CIS[i,])
attr(temp, "labels") = NULL
attr(temp, "info") = NULL
compo = subset(CIS_COMPO, CodeCIS == temp$CodeCIS, select = -CodeCIS)
if (length(compo) > 0) temp$Composition = compo
cip = subset(CIS_CIP, CodeCIS == temp$CodeCIS, select = -CodeCIS)
if (length(cip) > 0) temp$CIP = cip
cpd = subset(CIS_CPD, CodeCIS == temp$CodeCIS, select = -CodeCIS)
if (length(cpd) > 0) temp$CPD = cpd
gener = subset(CIS_GENER, CodeCIS == temp$CodeCIS, select = -CodeCIS)
if (length(gener) > 0) temp$GENER = gener
smr = subset(CIS_HAS_SMR, CodeCIS == temp$CodeCIS, select = -CodeCIS)
if (length(smr) > 0) temp$SMR = smr
asmr = subset(CIS_HAS_ASMR, CodeCIS == temp$CodeCIS, select = -CodeCIS)
if (length(asmr) > 0) temp$ASMR = asmr
data[[i]] = temp
}
df <- fromJSON(toJSON(data, auto_unbox = T))
bd$insert(df[1:5000,])
bd$insert(df[5001:10000,])
bd$insert(df[10001:nrow(df),])